A la llegada de los españoles, el Valle de Punilla presentaba una división política establecida por distintos asentamientos aborígenes, cuyos límites se delimitaban por Una de estas "provincias" se denominó "Camín Cosquín", origen del nombre de esta localidad. En 1573, Jerónimo Luis de Cabrera decidió elegir para sí estas tierras, pero finalmente no pudo tomar posesión de las mismas. Baltasar Gallegos, habiendo realizado un trueque por otras tierras, inició la que se llamaría "Estancia Cosquín". Con el transcurso de los años la comarca pasó a manos de conocidos personajes como el Presbítero Duarte Quirós y María Josefa Bustos de Funes (madre del Deán Funes). Es en el año 1830 que la tierra sufre una serie de subdivisiones, dando lugar al nacimiento de esta localidad. En 1876, Cosquín es nombrada villa mediante un decreto provincial. Finalmente, en 1939 fue declarada ciudad, siendo la primer localidad punillense en obtener tal reconocimiento.

Durante el siglo XIX muchas familias de la Oligarquía cordobesa poseían casas quintas en La Punilla. Los veraneantes elegían al lugar tanto por su paisaje, como por su cercanía con la ciudad de Córdoba.

En 1900 un médico clínico porteño realiza investigaciones sobre la climatología local, descubriendo sus cualidades y recomendándolas para el tratamiento en algunas enfermedades pulmonares. La difusión de las cualidades curativas del clima trajo aparejada una gran cantidad de enfermos de toda Latinoamérica que se establecieron desde Bialet Massé hasta Capilla del Monte.

El aumento de la población durante la primera mitad del siglo XX permitió su ascenso al rango de ciudad el 26 de Agosto de 1939.

Durante muchos años la economía de la zona estuvo basada, principalmente, en recursos que dependían directa o indirectamente en la enfermedad pulmonar. Grandes establecimientos, tanto privados como estatales, conjuntamente con un gran número de pensiones higiénicas, dedicadas a la atención y cuidado de enfermos, se diseminaron por todo el valle.

Con la aparición de los tuberculostáticos y antibióticos, la "cama asistencial" y la antigua política de lucha antituberculosa, que consistía en el descanso, el reposo, el clima y la alimentación, pierden valor, pues de la internación se pasa al tratamiento ambulatorio. La desaparición gradual de la principal y casi única fuente de ingresos tuvo como consecuencia el deterioro de la economía de la región.